Bon, j'ai fini par trouver. Voilà la solution pour ceaux qui auraient le même problème.
Il faut en fait changer de version de wine, j'en ai testé plusieurs, et j'ai cherché à avoir la plus récente possible; je me suis arrêté sur la 1.5.31. Les 1.6(celles que j(ai testées) ne me permettent pas de tourner complètement sur moi-même, et les versions 1.7 (qui apparemment n'utilisent pas X11, n'offrent pas de bonnes performances graphiques(tout est très lent)). Pour ce qui est de la souris, la flèche d'origine apparait au bout de quelques minutes de jeu, il suffit de sortir de X11(sans quitter), et d'y revenir(ça semble régler le problème pour toute la durée de la partie(pas de réapparition après un chargement ou autre); le fait de forcer la surcouche dans les réglages de POM ne change rien.
Il y à cependant une chose assez contraignante: le réticule de visée et les légendes qui apparaissent quand on survole un objet sont très peu visibles(pourtant activés). A moins d'avoir le réticule sur un objet sombre, sinon il est presque impossible de le voir.
Et enfin dernier petit problème, lorsque je vais sous l'eau j'ai un écran noir. Impossible de nager sous l'eau.
Voilà, si quelqu'un à une solution je suis preneur!